Metodat kryesore për trajtimin e mbetjeve spitalore të rrezikshme përfshijnë incinerimin dhe autoklavimin me avull. Para trajtimit, këto mbetje ruhen në kontejnerë dhe magazina të veçanta, por shumë herë praktikat janë jashtë standardeve, duke bërë që transporti të jetë i pasigurt dhe përfundimi i mbetjeve të ndodhë në lumenj.
Mjeku infeksionist Ilir Alimehmeti shpjegon se shërbimi i trajtimit tradicionalisht është menaxhuar nga struktura shtetërore, ndërsa tani përfshin sektorin privat për investime në pajisje dhe trajnim të personelit. Aktualisht, në vend ka vetëm 10 autoklava, shumica e të cilave janë shumë të vjetra dhe gjysma e tyre janë jofunksionale. Në spitalin rajonal Durrës, një incenerator për mbetje rrezikshme është, gjithashtu, jo funksional, duke shkaktuar grumbullimin e mbetjeve në QSUT gjatë gjysmës së parë të vitit 2025.
Tre spitalet kryesore në Tiranë, QSUT, Spitali “Shefqet Ndroqi” dhe Spitali i Traumës, janë përgjegjëse për prodhimin e shumicës së mbetjeve spitalore. Spitali i Traumës ka një kontratë 48-mujore me Eco Riciklim SHPK për trajtimin e këtyre mbetjeve, ndërsa Spitali “Shefqet Ndroqi” bashkëpunon me VALE Recycling dhe Eco Riciklim për menaxhimin e mbetjeve.
Auditimi i Kryqit të Kuq të Shqipërisë (KLSH) për pesë spitalet ka zbuluar probleme të rënda me dokumentacionin e menaxhimit të mbetjeve. Shumë herë, kontratat me operatorët ndryshojnë në çmime pa një referencë të saktë. Në Shkodër, për shembull, ambienti i autoklavës ndodhet afër koshave të mbetjeve urbane, duke rritur rrezikun e përhapjes së infeksioneve, me dëshmi që mbetje spitalore janë hedhur në koshat urbanë.
Në Korçë, situata është po ashtu problematike, me autoklavën dhe frigoriferin që ndodhen pranë kaldajës, gjë që ndihmon përhapjen e infeksioneve. Mjeku Besnik Jakaj, ish drejtori i Institutit të Shëndetit Publik, thekson rëndësinë e këtij problemi, duke ndarë një rast të tumorëve te punonjësit që lidhen me mbetje të vjetra imunobiologjike. Situata e mbetjeve spitalore në Shqipëri paraqet një rrezik serioz për shëndetin publik.
